JRは受益の範囲を限度とした貸付料(線路使用料)を支払います。この貸付料は新幹線開業によるJRの増益分に相当すると見込まれることから、収支改善効果と同等とされています。
開業後、JRから貸付料(線路使用料)の支払いを受けており、 国の財政に貢献しています。